将蛋白质组学高通量技术、免疫学以及细胞生物学的最新技术引入到感染相关功能蛋白研究，鉴定HIV调节蛋白与多种宿主靶细胞的蛋白－蛋白相互作用并阐明其细胞学功能意义和分子机制；以蛋白相互作用为靶点开发新药；阐明HIV蛋白在改变HIV相关多种肿瘤微环境的作用机制，探索干预靶点；阐明HIV相关脑病中的病毒和宿主应答机制，探索干预靶点。阐明肺炎链球菌中金属离子结合的功能性蛋白，阐明链球菌转运金属离子的蛋白通道，以及肺炎链球菌感染巨噬细胞蛋白质组变化，为开发新型抗菌药物提供药物作用靶点。