实验室以恶性肿瘤、感染和代谢疾病为研究对象，以功能蛋白质组学、蛋白质科学、分子和细胞生物学和整体动物实验科学等多学科手段探索发现关键功能蛋白质，明确它们在这些人类重大疾病中的作用分子机制，并阐明它们作为药物和生物治疗靶标的可行性，进而指导新药和新治疗策略的开发，为转化医学研究提供基础，为广东省基于功能蛋白质研究的转化医学平台建设提供关键技术和培养人才。围绕这个研究领域，瞄准国际前沿，结合现有工作基础，开展前瞻性、创新性和特色性研究。经过4年的建设，实验室的总体规模和科学研究达到省部级重点实验室水平,已经成功验收。汇聚一批有相当影响力的学术带头人和优秀学术骨干，成为高素质人才培养基地，原始创新性成果的产出基地，在何庆瑜教授的带领下形成了以下三个主要的研究方向：1）癌症相关功能蛋白质研究；2）感染相关功能蛋白质研究；3）代谢疾病相关功能蛋白质研究。这些研究方向凝聚了现有学术团队的优势力量，具有取得突破的可行性。