经过国际人类染色体蛋白质组（C-HPP）团队多年的合作，人类基因组中仍然有3844个编码基因没有蛋白质证据，以及约2000个基因注释错误，形成了约5000个新蛋白质的研究资源。这些蛋白质的生物学作用是目前生命科学界的前沿和重点。尤其是，能否在这些新蛋白质中找到癌症的生物标记物和药物靶标是重大的科学问题。何庆瑜、张弓、王通教授团队最近的研究表明，以蛋白质组学、翻译组学和转录组学等多组学联用是发现新蛋白质在转录、翻译和蛋白质水平上的证据的重要策略性革新，并且新蛋白质的表达和翻译传递变异与表型密切相关，成果发表在Nucleic Acids Res（IF：11.56）上。我们进而提出了以翻译组指导人类蛋白质组草图以及新蛋白发现的研究策略，成果发表在J Proteome Res（IF：3.95）上；该研究被人类蛋白质组组织（HUPO）评为2014年人类蛋白质组研究的重点突破。目前，该策略已被HUPO正式采纳为人类染色体蛋白质组研究的第四支柱。据此，我们和CN-HUPO多个团队进而发表了多篇JPR文章进行了系统的策略阐述。

实验室注重人才梯队的建设，作为实验室引进的海外人才，张弓教授在国内开创了翻译组学研究领域，并在2013年获得国家优秀青年基金项目“肿瘤翻译组学”以及科技部 “863” 青年科学家项目的支持。回国后，其开发的自主下一代测序算法FANSe发表在Nucleic Acids Res（IF：11.56）上，并且在多个重要国际会议上得到好评。 “973首席”陈良教授于2016年加盟了我们实验室团队，其对肺癌的抑癌基因的系统研究发表在Proc Natl Acad Sci U S A (IF：9.504)。在何庆瑜教授带领下，本团队于2017年成功获批国家重点研发计划专项项目“蛋白质修饰组的高维度鉴定及其功能网络”，立项经费达3124万元，是第一个以暨南大学为首席科学家单位牵头组织的项目，为我校实现了零的突破！

  同时，我们找到了多个肿瘤相关的新的分子靶标，包括闫道广教授团队发现肿瘤代谢相关靶标氧化固醇蛋白在肝癌细胞凋亡中的调控机制，成果发在J Biol Chem（IF：4.011）上，另有在急性T淋巴细胞白血病（T-ALL）细胞能量代谢研究上取得突破性成果，研究成果在国际综合学术期刊Nat Commun（IF：12.35）上发表；潘运龙教授发现了以金纳米颗粒抑制癌症细胞血管形成的作用机制，成果发表在Nanotechnology（IF ：7.6）上。吴晓萍教授等建立了高效筛选靶蛋白特异结合肽的技术平台，利用此技术平台，结合FGF/FGFR复合体的晶体结构，筛选获得了具有自主知识产权的抗肿瘤生长和血管生成活性的新型FGF拮抗肽，并阐明拮抗肽抗肿瘤及逆转肿瘤耐药的作用及其机理：1）拮抗肽通过干扰FGF与其受体的相互作用，下调Erkl/2、P38 和Akt等信号相关通路的活化，改变细胞周期, 降低G1/S期特异的细胞周期蛋白Cyclin D1的表达而使细胞阻滞在G0/G1 期，并通过下调内皮细胞生长因子(VEGF)和基质金属蛋白酶（MMP2、MMP9）的表达，从而抑制FGF刺激的肿瘤细胞增殖和血管生成。2）拮抗肽通过影响FGF与受体的相互作用，进而抑制胞内与细胞凋亡相关的信号转导通路PI3K/Akt的活化和FGF的内化，反向调节FGF上调抗凋亡蛋白Bcl-2和下调促凋亡蛋白Bax的表达，拮抗FGF对化药诱导的肿瘤细胞凋亡的抑制作用，从而逆转FGF诱导的肿瘤细胞对化疗药物的耐药性。成果发表在Oncotarget（IF：6.6）和Cancer Lett（IF：5.0）等期刊上。李斌副研究员与香港大学李嘉诚医院张丽雯教授合作研究研究发现肿瘤细胞和周围基质细胞之间的局部相互作用可以系统性地影响肿瘤的恶性发展，其研究成果发表在Nat Commun（IF：12.35）

季煜华教授等通过基于iTRAQ标记的定量蛋白质组学方法，首次全面揭示了成软骨分化过程中的分子事件。该工作发表在蛋白质组学领域的权威杂志，Mol Cell Proteomics（IF：5.236）。并发现chromodomain helicase DNA binding protein 4 （CHD4）在此过程中的作用及分子机制，论文发表在J Bone Miner Res（IF：6.314）。发现并证实了了激活的星状细胞对局部免疫的抑制作用，论文发表在Hepatology（IF：14.079）。

在药物载体领域，薛巍教授团队在药物与基因共传递载体设计上做了大量的研究工作。为解决目前常用的共传递载体效率不高、药物易泄露、血液相容性差的问题，提出利用点击化学方法构建以多官能团分子为核心、以树枝状聚赖氨酸基元为臂的星型阳离子共聚物，通过结构设计提高了该类材料的基因转染性能，取得了一系列研究成果，其中具有代表性的研究成果发表在ACS Appl Mater Inter（IF：8.097）上。薛巍教授团队还设计制备了一种由肿瘤微环境驱动的级联响应型的杂化荧光碳点用于基因的精准递送和影像追踪，为基于精准医疗的新型诊疗制剂的设计提供了一种多功能整合的方案，该成果也发表在Chem Mater（IF：9.89）上。

总之，通过8年的建设，实验室不断完善研究环境，建立了先进的研究平台。目前实验室已具备了以功能蛋白质研究为导向的转化医学研究的软硬件条件。实验室面积显著扩大，实验室建设期间在多个重要领域均有明显突破，科学研究整体上已居于国内领先水平，部分达到国际先进水平。

1. Xu WW, Huang ZH, Liao L, Zhang QH, Li JQ, Zheng CC, He Y, Luo TT, Wang Y, Hu HF, Zuo Q, Chen WY, Yang QS, Zhao JF, Qin YR, Xu L*, Li EM, Liao HX, Li B, He QY. “ Direct Targeting of CREB1 with Imperatorin Inhibits TGFβ2-ERK Signaling to Suppress Esophageal Cancer Metastasis.” Adv Sci. 2020 Jul 1;7(16):2000925. doi: 10.1002/advs.202000925.（IF = 15.84）

2. Liao L, Yao ZT, Fang WK, He QY, Xu WW, Li B. “Epigenetics in Esophageal Cancer: From Mechanisms to Therapeutics.” Small Methods. 2020 Aug . doi: 10.1002/smtd.202000391.（IF = 12.13）

3. Hong P, Liu QW, Xie Y, Zhang QH, Liao L, He QY, Li B, Xu WW. “Echinatin suppresses esophageal cancer tumor growth and invasion through inducing AKT/mTOR-dependent autophagy and apoptosis.” Cell Death Dis. 2020 Jul 13;11(7):524. doi: 10.1038/s41419-020-2730-7. （IF = 6.304）

4. Huang XH, Yan X, Zhang QH, Hong P, Zhang WX, Liu YP, Xu WW, Li B, He QY. “Direct targeting of HSP90 with daurisoline destabilizes β-catenin to suppress lung cancer tumorigenesis.” Cancer Lett. 2020 Oct 1;489:66-78. doi: 10.1016/j.canlet.2020.05.024.（IF = 7.36）

5. Zheng YD, Pan Y, He K, Li N, Yang D, Du GF, Ge R, He QY, Sun X. “SPD_1495 Contributes to Capsular Polysaccharide Synthesis and Virulence in Streptococcus pneumoniae.” mSystems. 2020 Feb 25;5(1):e00025-20. doi: 10.1128/mSystems.00025-20.（IF = 6.633）

6. Lu S, Zhang J, Lian X, Sun L, Meng K, Chen Y, Sun Z, Yin X, Li Y, Zhao J, Wang T, Zhang G, He QY. A hidden human proteome encoded by 'non-coding' genes. Nucleic Acids Res. 2019 Jul 24. pii: gkz646. doi: 10.1093/nar/gkz646. （IF= 11.501）

7. Wang Y , Zhang J, Li B, He QY. “Advances of Proteomics in Novel PTM Discovery: Applications in Cancer Therapy.” Small Methods. 2019 May 10; doi: 10.1002/smtd.201900041.（IF = 12.13）

8. Gao L, Hu Y, Tian Y, Fan Z, Wang K, Li H, Zhou Q, Zeng G, Hu X, Yu L, Zhou S, Tong X, Huang H, Chen H, Liu Q, Liu W, Zhang G, Zeng M, Zhou G, He QY@, Ji H, Chen L. “Lung cancer deficient in the tumor suppressor GATA4 is sensitive to TGFBR1 inhibition.” Nat Commun. 2019 Apr 10;10(1):1665. doi: 10.1038/s41467-019-09295-7.（IF =12.121）

9. Yang J, Xu WW, Hong P, Ye F, Huang XH, Hu HF, Zhang QH, Yan X, Li B, He QY. Adefovir dipivoxil sensitizes colon cancer cells to vemurafenib by disrupting the KCTD12-CDK1 interaction. Cancer Lett. 2019 Mar 11;451:79-91. doi: 10.1016/j.canlet.2019.02.050.（IF = 7.36）

10. Li B, Hong P, Zheng CC, Dai W, Chen WY, Yang QS, Han L, Tsao SW, Chan KT, Lee NPY, Law S, Xu L*, Li EM, Chan KW, Qin YR, Guan XY, Lung ML, He QY, Xu WW, Cheung AL. Identification of miR-29c and its Target FBXO31 as a Key Regulatory Mechanism in Esophageal Cancer Chemoresistance: Functional Validation and Clinical Significance. Theranostics. 2019 Feb 28;9(6):1599-1613. doi: 10.7150/thno.30372.（IF = 8.579）

11. Xu WW, Li B, Zhao JF, Yang JG, Li JQ, Tsao SW, He QY, Cheung ALM. “IGF2 induces CD133 expression in esophageal cancer cells to promote cancer stemness.” Cancer Lett. 2018 Jul 1;425:88-100. doi: 10.1016/j.canlet.2018.03.039.（IF = 7.36）

12. Yang J, Li B, He QY. Significance of prohibitin domain family in tumorigenesis and its implication in cancer diagnosis and treatment. Cell Death Dis. 2018 May 21;9(6):580. doi: 10.1038/s41419-018-0661-3.（IF = 6.304）

13. Liu WT, Wang Y; Zhang J, Ye F, Huang XH, Li B, He QY. “A novel strategy of integrated microarray analysis identifies CENPA, CDK1 and CDC20 as a cluster of diagnostic biomarkers in lung adenocarcinoma.” Cancer lett.425:43-53; 2018 Mar 31. doi:10.1016/j.canlet.2018.03.043.（IF = 7.36）

14. Zhong Y, Yang J, Xu WW, Wang Y, Zheng CC, Li B, He QY. “KCTD12 promotes tumorigenesis by facilitating CDC25B/CDK1/Aurora A-dependent G2/M transition.” Oncogene. 2017 Nov 2;36(44):6177-6189.. doi: 10.1038/onc.2017.287.（IF = 7.971）

15. Wang Y, Zhang J, Huang ZH, Huang XH, Zheng WB, Yin XF, Li YL, Li B, He QY.  “Isodeoxyelephantopin induces protective autophagy in lung cancer cells via Nrf2-p62-keap1 feedback loop.” Cell Death Dis. 2017 Jun 15;8(6):e2876. doi: 10.1038/cddis.2017.265.（IF = 6.304）

16. Li B, Xu WW, Han L, Chan KT, Tsao SW, Lee NP, Law S, Xu L*, Li EM, Chan KW, Qin YR, Guan XY, He QY, Cheung AL. “MicroRNA-377 suppresses initiation and progression of esophageal cancer by inhibiting CD133 and VEGF.” Oncogene. 2017 Jul 13;36(28):3986-4000. doi: 10.1038/onc.2017.29. （IF = 7.971）

17. Xu WW, Li B, Guan XY, Chung SK, Wang Y, Yip YL, Law SY, Chan KT, Lee NP, Chan KW, Xu L*, Li EM, Tsao SW, He QY, Cheung AL. “Cancer cell-secreted IGF2 instigates fibroblasts and bone marrow-derived vascular progenitor cells to promote cancer progression.” Nat Commun. 2017 Feb 10;8:14399. doi: 10.1038/ncomms14399.（IF = 12.121）

18. Li B, Xu WW, Guan XY, Qin YR, Law S, Lee NP, Chan KT, Tam PY, Li YY, Chan KW, Yuen HF, Tsao SW, He QY, Cheung AL. Competitive Binding Between Id1 and E2F1 to Cdc20 Regulates E2F1 Degradation and Thymidylate Synthase Expression to Promote Esophageal Cancer Chemoresistance.  Clin Cancer Res. 2016 Mar 1;22(5):1243-55. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-15-1196. E （IF = 10.107）

19. Lian X, Guo J, Gu W, Cui Y, Zhong J, Jin J, He QY, Wang T, Zhang G. Genome-Wide and Experimental Resolution of Relative Translation Elongation Speed at Individual Gene Level in Human Cells. PLoS Genet. 2016 Feb 29;12(2):e1005901. doi: 10.1371/journal.pgen.1005901.（IF = 5.174）

20. Wang Y, Huang ZH, Li YJ, He GW, Yu RY, Yang J, Liu WT, Li B, He QY. Dynamic quantitative proteomics characterization of TNF-α-induced necroptosis. Apoptosis 2016 Dec;21(12):1438-1446. doi: 10.1007/s10495-016-1300-z. （IF = 4.543）