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经过国际人类染色体蛋白质组(C-HPP)团队两年多的合作,人类基因组中仍然有3844个编码基因没有蛋白质证据,以及约2000个基因注释错误,形成了约5000个新蛋白质的研究资源。这些蛋白质的生物学作用是目前生命科学界的前沿和重点。尤其是,能否在这些新蛋白质中找到癌症的生物标记物和药物靶标是重大的科学问题。何庆瑜、张弓、王通教授团队最近的研究表明,以蛋白质组学、翻译组学和转录组学等多组学联用是发现新蛋白质在转录、翻译和蛋白质水平上的证据的重要策略性革新,并且新蛋白质的表达和翻译传递变异与表型密切相关,成果发表在Nucleic Acids ResearchIF8.8)上。我们进而提出了以翻译组指导人类蛋白质组草图以及新蛋白发现的研究策略,成果发表在Journal of Proteome ResearchIF5.2)上;该研究被人类蛋白质组组织(HUPO)评为2014年人类蛋白质组研究的重点突破。目前,该策略已被HUPO正式采纳为人类染色体蛋白质组研究的第四支柱。据此,我们和CN-HUPO多个团队进而发表了多篇JPR文章进行了系统的策略阐述。

实验室注重人才梯队的建设,作为实验室引进的海外人才,张弓教授在国内开创了翻译组学研究领域,并在2013年获得国家优秀青年基金项目肿瘤翻译组学以及科技部 “863” 青年科学家项目的支持。回国后,其开发的自主下一代测序算法FANSe发表在Nucleic Acids ResearchIF8.8)上,并且在多个重要国际会议上得到好评。近期“973首席”陈良教授也加盟了我们实验室团队,目前,我们正在积极整合优势力量申报2017年度国家重点研发计划“蛋白质机器与生命过程调控”重点专项,以期在新一代蛋白质组学分析技术研究(张弓教授担任组长)、高维度蛋白质组学研究(何庆瑜教授主持)、重大疾病发生发展过程中蛋白质机器的功能机制(陈良教授主持)、病原体感染与致病过程中蛋白质机器的功能机制(孙雪松教授担任组长)的相关专项中获得突破。  

   同时,我们找到了多个肿瘤相关的新的分子靶标,包括闫道广教授团队发现肿瘤代谢相关靶标氧化固醇蛋白在肝癌细胞凋亡中的调控机制,成果发在Journal of Biological Chemistry上,另有在急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)细胞能量代谢研究上取得突破性成果,研究成果在国际综合学术期刊Nature  Communications上发表;潘运龙教授发现了以金纳米颗粒抑制癌症细胞血管形成的作用机制,成果发表在Nanotechnology(IF:7.6)上。吴晓萍教授等建立了高效筛选靶蛋白特异结合肽的技术平台,利用此技术平台,结合FGF/FGFR复合体的晶体结构,筛选获得了具有自主知识产权的抗肿瘤生长和血管生成活性的新型FGF拮抗肽,并阐明拮抗肽抗肿瘤及逆转肿瘤耐药的作用及其机理:1)拮抗肽通过干扰FGF与其受体的相互作用,下调Erkl/2、P38 和Akt等信号相关通路的活化,改变细胞周期, 降低G1/S期特异的细胞周期蛋白Cyclin D1的表达而使细胞阻滞在G0/G1 期,并通过下调内皮细胞生长因子(VEGF)和基质金属蛋白酶(MMP2、MMP9)的表达,从而抑制FGF刺激的肿瘤细胞增殖和血管生成。2)拮抗肽通过影响FGF与受体的相互作用,进而抑制胞内与细胞凋亡相关的信号转导通路PI3K/Akt的活化和FGF的内化,反向调节FGF上调抗凋亡蛋白Bcl-2和下调促凋亡蛋白Bax的表达,拮抗FGF对化药诱导的肿瘤细胞凋亡的抑制作用,从而逆转FGF诱导的肿瘤细胞对化疗药物的耐药性。成果发表在Oncotarget(IF:6.6)和Cancer Letters(IF:5.0)等期刊上。

季煜华教授等通过基于iTRAQ标记的定量蛋白质组学方法,首次全面揭示了成软骨分化过程中的分子事件。该工作发表在蛋白质组学领域的权威杂志,Molecular and Cellular Proteomics(IF:8.8),现已被引用40次。并发现chromodomain helicase DNA binding protein 4 (CHD4)在此过程中的作用及分子机制,论文发表在Journal of Bone and mineral Research(IF:6.1)。发现并证实了了激活的星状细胞对局部免疫的抑制作用,论文发表在Hepatology(IF:12)。

在药物载体领域,薛巍教授团队在药物的可控释放方面做了大量的研究工作,特别是在基因药物的高效递送方面取得了重要的研究进展。为解决目前常用的基因药物载体转染效率低的问题,提出利用点击化学方法构建以多官能团分子为核心、以树枝状聚赖氨酸基元为臂的星型阳离子共聚物,通过结构设计提高了该类材料的基因转染性能,取得了一系列研究成果,其中具有代表性的两项研究成果都发表在Biomaterials(IF:8.31)上。薛巍教授团队还针对基因载体的体内使用环境,首次对典型的基因载体聚乙烯亚胺(PEI)的血液相容性进行了深入研究,对该类材料的安全使用提供了重要参考数据,同时也从另一个视角重新审视基因载体,在基因载体材料领域引起了广泛关注,该成果也发表在Biomaterials(IF:8.31)上。

总之,通过4年的建设,实验室不断完善研究环境,建立了先进的研究平台。目前实验室已具备了以功能蛋白质研究为导向的转化医学研究的软硬件条件。实验室面积显著扩大,实验室建设期间在多个重要领域均有明显突破,科学研究整体上已居于国内领先水平,部分达到国际先进水平。

   

序号

成果(获奖、论文、

专著、专利)名称

获奖名称、等级,发表刊物,出版单位,授权国家,时间

 

完成人

完成人署名

1

Translating mRNAs strongly correlate to proteins in a multivariate manner and their translation ratios are phenotype specific

Nucleic Acids Res.

2013 May;41(9):4743-54.

(IF = 8.81)

王通

何庆瑜

张弓

共同通讯

2

Effects of the gene carrier polyethyleneimines on structure and function of blood components

Biomaterials.

2013 Jan;34(1):294-305.

(IF = 8.31)

薛巍

共同通讯

3

A star-shaped porphyrin-arginine functionalized poly(l-Lysine) copolymer for photo-enhanced drug and gene co-delivery

Biomaterials.

2014 May;35(14):4357-67.

(IF = 8.31)

薛巍

共同通讯

4

Surface modification of poly-L-lactic acid fibrous scaffolds by a molecular-designed multi-walled carbon nanotube multilayer for enhancing cell interactions

Carbon.

2013 May;56:224-34.

(IF = 6.16)

薛巍

通讯作者

5

Jagged-1 signaling suppresses the IL-6 and TGF-b treatment-induced Th17 cell

differentiation via the reduction of RORct/IL-17A/IL-17F/IL-

23a/IL-12rb1

Scientific Reports.

2015 Feb 16 ;5 : 8234

DOI: 10.1038/srep08234

(IF = 5.07)

邢飞跃

通讯作者

6

Resolving Chromosome-Centric Human Proteome with Translating mRNA Analysis: A Strategic Demonstration

J Proteome Res.

2014 Jan 3;13(1):50-9.

(IF = 5.00)

何庆瑜

张弓

王通

共同通讯

7

Systematic analyses of the transcriptome, translatome, and  proteome provide a global view and potential strategy for the C-HPP

J Proteome Res.

2014 Jan 3;13(1):38-49.

(IF = 5.00)

王通

张弓

何庆瑜

共同通讯

8

Systematic analysis of missing proteins provides clues to help define all of the protein-coding genes on human chromosome 1

J Proteome Res.

 2014 Jan 3;13(1):114-25.

(IF = 5.00)

张弓

何庆瑜

王通

共同通讯

9

Omics evidence: single nucleotide variants transmissions on chromosome20 inliver cancer cell lines

J Proteome Res.

2014 Jan 3;13(1):200-11.

(IF = 5.00)

王通

张弓

何庆瑜

共同第一

共同通讯

10

Chromosome-8-coded proteome of Chinese Chromosome Proteome Data set (CCPD) 2.0 with partial immunohistochemical verifications

J Proteome Res.

2014 Jan 3;13(1):126-36.

(IF = 5.00)

王通

何庆瑜

张弓

共同通讯

11

Iterative genome correction largely improves proteomic analysis of nonmodel organisms

J Proteome Res.

2014 Jun 6;13(6):2724-34.

(IF = 5.00)

何庆瑜

孙雪松

张弓

共同通讯

12

Qualitative and quantitative expression status of the human chromosome 20 genes in cancer tissues and the representative cell lines

J Proteome Res.

2013 Jan 4;12(1):151-61.

(IF = 5.00)

晏光荣

何庆瑜

共同第一

共同通讯

13

Binomial probability distribution model-based protein identification algorithm for tandem mass spectrometry utilizing peak intensity information

J Proteome Res.

2013 Jan 4;12(1):328-35.

(IF = 5.00)

孙雪松

张弓

何庆瑜

共同通讯

14

Bibliometric analysis of Nobelists’ awards and landmark papers in physiology or medicine during 1983-2012.

Ann Med.

2013 Dec;45(8):532-8.

(IF = 4.73)

邢飞跃

共同通讯

15

Oxysterol-Binding Protein (OSBP)-Related Protein 8 (ORP8) Increases Sensitivity of Hepatocellular Carcinoma Cells to Fas-Mediated Apoptosis.

J Biol Chem.

2015 Jan 16.

 pii: jbc.M114.610188.

(IF = 4.60)

闫道广

通讯作者

16

Direct interaction of14-3-3ζ with ezrin promotes cell migration by regulating the formation of membrane ruffle.

J Mol Biol. 2014 Sep 9;

426(18):3118-33.

(IF = 3.96)

何庆瑜

张弓

刘朗夏

通讯作者

17

《功能蛋白质研究》

科学出版社(2012

何庆瑜

主编

18

一种半成熟树突状细胞的体外制备方法

中国发明专利:

ZL 2011 1 0032089.6,

授权日期20135

邢飞跃

第一